輸卵管囊腫可能影響懷孕，但并非所有患者都會不孕。較小囊腫（直徑小于3厘米）若未壓迫輸卵管或卵巢，通常不影響正常排卵和受精過程，女性仍可能自然受孕。

當囊腫體積較大時，可能壓迫輸卵管導致管腔堵塞，阻礙精卵結合。若合并感染引發輸卵管積水，會進一步降低受孕成功率。囊腫扭轉或破裂還可能引發急性腹痛，增加宮外孕風險。

備孕女性發現囊腫后，建議通過超聲評估大小和位置。醫生會根據囊腫對生殖功能的影響制定方案，必要時治療后科學備孕，以提高受孕幾率。